Es el principal organismo gestor que dirige la instalación. El presidente y el vicepresidente tienen cargos anuales que rotan entre el Ministerio Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades y la Comunidad Autónoma de Castilla y León. Además, el Consejo de Rectores está compuesto por nueve miembros del consejo, tres de cada institución fundadora del Consorcio y un Secretario (elegido por el Rector de la Universidad de Salamanca). El Director de CLPU tiene que asistir a todas las reuniones del Consejo de Rectores, pero él y el Secretario son participantes sin derecho a voto.
CONSEJO RECTOR:
PRESIDENTE
Dª. Blanca Ares González
Directora de Universidades e Investigación. Consejería de Educación. Gobierno de Castilla y León.
VICEPRESIDENTE
Dª. Eva Ortega Paíno
Secretaría General de Investigación. Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades.
SECRETARIO
Dª. Beatriz Sigler López
Abogada General del Estado.
MIEMBROS
- D. José Ignacio Doncel Morales
Subdirector General de Grandes Instalaciones Científico Técnicas. Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades. - Dª. Rosina López-Alonso Fandiño
Vicepresidente de Organización y Relaciones Institucionales del CSIC. - Dª. Ángela Fernández CurtoSubdirectora General Adjunta de Grandes Instalaciones Científico Técnicas. Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades.
- D. Jesús M. Hurtado Olea
Secretario General de Educación. Consejería de Educación. Gobierno de Castilla y León. - Dª. Teresa León Herbosa
Jefa del Servicio de Investigación Científica, Transferencia del Conocimiento e Infraestructura Universitaria. Gobierno de Castilla y León. - D. Javier González Benito
Vicerrector de Economía, Universidad de Salamanca. - D. José M. Mateos Roco
Vicerrector de Investigación y Transferencia. Universidad de Salamanca.
